Aparentemente, esse é um bug do autojump: Conclusão da aba Bad # 228 . A instalação manual da versão mais recente do autojump resolve o problema.
git clone git://github.com/joelthelion/autojump.git
cd autojump
./install.py
vim ~/.bashrc
# Add line [[ -s /home/fabien/.autojump/etc/profile.d/autojump.sh ]] &&
# source /home/fabien/.autojump/etc/profile.d/autojump.sh