Você provavelmente deve dar uma olhada no arquivo /etc/pam.d/sudo e verificar se pam_limits.so é necessário nele ou em qualquer outro arquivo incluído.
Por exemplo, o arquivo /etc/pam.d/sudo no meu sistema se parece com abaixo.
#%PAM-1.0
auth required pam_env.so readenv=1 user_readenv=0
auth required pam_env.so readenv=1 envfile=/etc/default/locale user_readenv=0
@include common-auth
@include common-account
@include common-session-noninteractive
Agora, você pode procurar pam_limits.so nos outros arquivos incluídos usando o parâmetro @inlude .