Parece que você tem versões incompatíveis entre o pacote libxml e suas dependências, tente usar a próxima versão do libxml atualizando todas as bibliotecas e pacotes em sua máquina.
No CentOS 6.5, quando estou tentando atualizar o pacote libxml2 com:
yum localinstall libxml2-2.9.1-99.1.src.rpm
Estou recebendo a seguinte saída:
Examining libxml2-2.9.1-99.1.src.rpm: libxml2-2.9.1-99.1.src
Cannot add package libxml2-2.9.1-99.1.src.rpm to transaction. Not a compatible architecture: src
Nothing to do
Minha versão atual da libxml2 é libxml2-2.7.6-14.el6_5.2.x86_64.
Usando rpm -Uvh libxml2-2.9.1-2.1.rpm , esta saída é processada:
warning: libxml2-2.9.1-2.1.rpm: Header V3 DSA/SHA1 Signature, key ID 3aa2aa5b: NOKEY
1:libxml2 ########################################### [100%]
Na verdade, nada é alterado, quando estou listando os pacotes instalados, os antigos pacotes libxml ainda estão ativos.
localinstall libxml2-2.9.1-99.1.src.rpm
Este é um código-fonte rpm, contém fontes, não binário, você deve usar o rpmbuild antes de tentar instalá-lo.
Sobre isso, estou confuso, você dá dois nomes de rpm diferentes?
yum localinstall libxml2-2.9.1-99.1.src.rpm
e
rpm -Uvh libxml2-2.9.1-2.1.rpm
É porque você já usou o rpmbuild? Se for o caso, você não deve ter problemas.
Além disso, esteja ciente de que você está tentando instalar uma versão de 32 bits da sua biblioteca, e você está em um sistema operacional de 64 bits (como você diz, sua versão da libxml2 é libxml2-2.7.6-14.el6_5.2. x86_64)