O problema aqui é que você precisa usar o planejador justo, eu estava usando o planejador errado e tinha interpretado mal uma configuração (pensei que eu estava usando o planejador justo, mas realmente não estava). A troca para o agendador de IO correto corrigiu o problema.
Para alterar o agendador de IO (retirado de aqui ):
echo cfq > /sys/block/{DEVICE-NAME}/queue/scheduler