Não use backticks para substituições de comandos: as regras de expansão são complicadas e não são completamente consistentes entre os shells. Use $(…)
em vez disso; tem exatamente o mesmo significado, mas uma sintaxe intuitiva e portátil. Você não precisa usar nenhuma citação especial; o parêntese próximo correspondente determina o final do comando e é isso. No caso raro em que o comando começa com um parêntese de abertura, coloque um espaço para evitar confusão com a expansão aritmética (por exemplo, variable=$( (foo; bar) || qux )
).
count=$(echo $foo | sed 's/./&\
/g' | sort | uniq -c | sort -n -r | head -1 | awk '{print $1}')
ou
count=$(echo $foo | sed 's/./&\n/g' | sort | uniq -c | sort -n -r | awk 'NR==1 {print $1}')