Para ser específico à sua pergunta: Sim, você pode.
Algumas explicações:
- Este aviso é aplicável apenas se você instalar o Windows depois de ter instalado o Fedora (e o Fedora instalado com o Grub estando no MBR).
- Se você instalar o Windows First e o Fedora posteriormente, e não alterar nada relacionado ao Grub no momento da instalação, você poderá inicializar no Windows a partir do menu Grub sem nenhum problema.
- Se você quer instalar o Windows em um segundo HD, eu sugiro que você remova o HD com o Fedora e instale o Windows no HD restante, então conecte o Fedora HD, e no Grub do Fedora HD adicione um chainloader para o Windows HD. (esta sugestão é baseada neste forum post , e você pode ver lá que o windows irá mudar o MBR no primeiro HD do sistema mesmo se você instalar no segundo HD).