Você pode usar steamcmd
para isso (ele é empacotado nos repositórios não-livres do Debian e no multiverso do Ubuntu):
steamcmd +apps_installed +quit
listará todos os aplicativos instalados com seu ID e
steamcmd +app_uninstall appid +quit
irá desinstalar o aplicativo que corresponde ao ID fornecido; adicione -complete
antes do id para uma desinstalação completa.