A maneira usual de lidar com isso é apenas fazer
#dpkg -i packagename
e, em seguida, resolver as dependências após o evento, fazendo
#apt-get -f install
Se as dependências não puderem ser satisfeitas, o apt normalmente removerá o pacote para você. Claro que, se isso não acontecer, você mesmo pode fazê-lo. Este procedimento não deve marcar os pacotes como instalados manualmente.