Geralmente vale a pena ler a saída de ./configure --help . Isto sugere para executar o configure como
./configure CFLAGS="-ggdb3 -O0"
make
make install
Substituir CFLAGS (ou LDFLAGS , CPPFLAGS , dependendo das suas necessidades) da seguinte forma também funciona:
CFLAGS="-ggdb3 -O0" ./configure
make
make install
Se você precisa usar um compilador diferente do gcc, você deve sobrescrever a variável CC .