Você está fazendo:
bash << 'EOT'
some-command-that-reads-stdin
EOT
Mas o stdin de some-command-that-reads-stdin
também será esse documento, pois ele é iniciado por bash
, portanto, herda o mesmo stdin
.
Você pode fazer:
bash /dev/fd/3 3<< 'EOT'
some-command-that-reads-stdin
EOT
Então stdin é deixado intacto e bash
obtém o código desse documento aqui em outro fd.