Na maioria dos casos, isso não é possível. Os estados do dispositivo são controlados por meio do firmware. Se o seu sistema entrar no S3, o HDD / SS também será colocado no D3 (estado do dispositivo 3). Pode haver algumas exceções dependendo da configuração do seu BIOS. Existe may uma opção para evitar que o firmware coloque um dispositivo (S) ATA em D3 quando o sistema entra no S3, mas isso não é provável.
Uma solução possível seria colocar seu SSD em outro sistema em uma rede local, mapeie a unidade ou substitua-a completamente por NAS . Isso isolaria os estados de sono do seu sistema da unidade, permitindo que ele permanecesse acordado.