gnome-pty-helper é iniciado automaticamente pela biblioteca VTE quando necessário. Se você quer evitar sua execução (por quê?), Você deve evitar usar qualquer coisa construída com a biblioteca VTE ( libvte* ).
Os elementos que você adicionou recentemente fazem com que isso pareça um comprometimento de algum tipo: ~/.config não deve conter binários e gnome-pty-helper certamente não pertence ao seu crontab . É um bom nome para algum tipo de vírus, porque não chama a atenção em uma lista de processos ...
Você pode excluir o arquivo e a entrada crontab (mas esteja atento para a volta óbvia). Pode valer a pena manter uma cópia do arquivo em algum lugar seguro (em um sistema de arquivos noexec ) para tentar descobrir o que estava fazendo ...