Encontrei a resposta por acaso: a questão é que, no modo de janela única, o tamanho mínimo é determinado pelo tamanho das três partes da janela:
- a superfície de edição principal,
- a caixa de ferramentas e
- os diálogos acopláveis.
A caixa de ferramentas em particular pode ser redimensionada horizontalmente para ser apenas uma coluna de largura e, nesse caso, torna a janela muito alta. A solução é simplesmente arrastar os pontos no lado direito da caixa de ferramentas para torná-los duas (ou mais) colunas de largura.
Agora, o tamanho mínimo é mais sensato:
program specified minimum size: 564 by 688