Ambos usam o mesmo solucionador de dependência de back end e são extraídos dos mesmos repositórios, mas devido a diferentes projetos que mudam de velocidade, eles não obtêm de um cache local unificado (incluindo o cache de metadados - as informações sobre quais atualizações estão disponíveis e assim por diante). E, como o Fedora distribui conteúdo em uma grande rede de espelhamento voluntário, às vezes isso não é tudo em sincronia - provavelmente é por isso que dnf --refresh não está fazendo nada bom.
O plano de longo prazo é convergir, evitando a duplicação.
Quanto a qual preferir, a principal diferença é se as atualizações são feitas online ou offline - e offline requer uma reinicialização. Isso obviamente é menos conveniente, mas garante que todas as correções de segurança estejam realmente em vigor e evita falhas como (e potencialmente mais sérios problemas. -Mas-firefox-mantém-dizendo-me-que-eu-tenho-a-versão antiga "> Flash plugin com o sistema em disco fora de sincronia com o que está sendo executado).