Eu acho que o shell está interpretando os ponto e vírgula, o que faz com que a linha de comando pareça um wget e várias instruções de atribuição de variáveis. Você precisa colocar o URL entre aspas:
wget 'https://git.iain.cx/?p=profile.git;a=blob_plain;f=opt/bin/ktmux_helper;hb=HEAD'
Sem as aspas, o shell divide a linha de comando em cada ponto e é considerado como 4 instruções separadas:
wget https://git.iain.cx/?p=profile.git
a=blob_plain
f=opt/bin/ktmux_helper
hb=HEAD
Por sorte, todos são sintaticamente válidos, portanto você não recebeu nenhum erro ou aviso de shell. O primeiro é aquele que deu a você o arquivo HTML, já que estava faltando o modificador que informava ao servidor que você queria um arquivo de texto simples.