Meu conhecimento do CentOS está um pouco desatualizado, mas você também pode precisar especificar o fuso horário em /etc/sysconfig/clock .
Como último esforço, é claro, você poderia:
chatter +i /etc/localtime
É surpreendente que tzdata munges /etc/localtime . Você criou um link simbólico para /usr/share/zoneinfo/... ? Você talvez esteja atualizando glibc ao mesmo tempo que tzdata ? (desde que o pacote glibc possua /etc/localtime )