Cite suas variáveis:
$ tree foo
foo
├── bar foo
│ └── blah
├── baz
│ └── blah
├── foo
├── foo bar
│ └── blah
└── yada
8 directories, 0 files
$ to_ignore='yada|bar foo|baz'
$ tree foo -I "$to_ignore"
foo
├── foo
└── foo bar
└── blah
3 directories, 0 files