Tanto quanto eu entendi a situação com o LXDE, eles não estão 100% certos de mudar para o Qt.
Como não haverá mais desenvolvimento no GTK + 2, eles terão que escolher entre o GTK + 3 e o Qt. Parece que haverá duas versões do LXDE um com o Qt e o outro com o GTK + 2 ou 3, até decidirem qual escolher.
Para responder à sua pergunta, hoje você não pode dizer em que direção ela irá. Meu conselho seria, realmente não importa qual estrutura você escolherá, já que na maioria dos desktops unix existem três frameworks instalados.
Eu não recomendaria o GTK + 2, porque isso definitivamente não está continuando. A melhor aposta parece ser Qt, mas é uma aposta.