O Debian já faz isso internamente, para construir os pacotes binários que eles oferecem para download, e a maioria das ferramentas está na distribuição. (Tudo, exceto alguns scripts de cola, eu acho).
As ferramentas que podem lhe interessar incluem:
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debian-builder: reconstrua os pacotes a partir do código-fonte -
buildd,buildd: construa automaticamente alguns pacotes -
pbuilder: construtor de pacotes pessoal (em um chroot, principalmente destinado a desenvolvedores Debian) - Mais geralmente, veja os pacotes marcados com
devel::debianouworks-with::software:source(aptitude search '?tag(devel::debian) | ?tag(works-with::software:source)').