Acho que você terá que declarar manualmente a partição do Windows em /boot/grub/menu.lst . Uma entrada para o Windows normalmente é assim:
title Windows
root (hd0,0)
makeactive
chainloader +1
hd0 significa que o Windows está na unidade de inicialização e hd1 significaria que está na primeira unidade encontrada pelo BIOS que não é a unidade de inicialização. A numeração de partições no Grub 1 começa em 0, então (hd0,0) é o que o Linux chama sda1 e assim por diante.