Você pode simplesmente executar top no modo em lote e salvar a saída em um arquivo:
$ top -b -d 2 > /your/log/file &
-d 2 é o período de amostragem. Esteja avisado que isso gerará um grande volume de dados.
Você pode querer usar a opção -u para listar apenas os processos de um determinado usuário ou até mesmo a opção -p para listar explicitamente os processos do seu aplicativo.