A "saída do comando" a que você se refere é chamada "o prompt". No final do prompt, geralmente há um caractere (em bash geralmente # ou $ ) para indicar o final do prompt e o início da entrada do usuário. É diferente para você saber se você é o usuário root ou não. Geralmente quando você vê um # no final do seu prompt você sabe que você é root e deve ter cuidado com seus comandos.
Controlar o prompt depende do shell que você usa. Para bash , você usa a variável de ambiente PS1 para fazer isso. Por exemplo, se você executar:
export PS1='\u@\h \w \$ '
Seu próximo prompt mudará para algo como:
phunehehe@workstation ~/Desktop $
Consulte a seção PROMPTING em man bash para o formato da variável PS1. Um ponto de interesse para sua pergunta:
\$ if the effective UID is 0, a #, otherwise a $
Para alterar o prompt permanentemente, coloque a linha de exportação em /etc/profile (em termos de sistema) ou ~/.profile (em termos de uso) ou algo equivalente.