Da seção Here Documents
de man bash
The format of here-documents is:
<<[-]word here-document delimiter
No parameter and variable expansion, command substitution, arithmetic expansion, or pathname expansion is performed on word. If any characters in word are quoted, the delimiter is the result of quote removal on word, and the lines in the here-document are not expanded. If word is unquoted, all lines of the here-document are subjected to parameter expansion, command substitution, and arithmetic expansion, the charac‐ ter sequence \ is ignored, and \ must be used to quote the characters \, $, and '.
Como MAKE
está sem aspas no seu exemplo, \
é ignorado e $@
está sendo expandido (para uma lista de parâmetros presumivelmente vazia).
A solução é citar (qualquer parte do) marcador, por exemplo.
cat <<\MAKE >> /etc/apache2/sites-available/Makefile1
ou
cat <<"MAKE" >> /etc/apache2/sites-available/Makefile1
ou para fornecer as fugas requeridas, e. \
para as continuações de linha e \$@
para $@