Infelizmente, não há uma boa resposta para essa pergunta. Se você precisa ou não de partições na unidade flash depende do firmware do computador e da implementação específica do protocolo USB no chip da unidade. A maioria das combinações pode lidar com partições nos dias de hoje, mas nem todas.
Pela mesma razão, zerar o início do stick com dd pode não ser uma boa ideia. Um fdisk subseqüente no Linux ou * BSD pode detectar uma geometria lógica diferente da inicial, que provavelmente será diferente do que o Windows espera. Esta é a causa mais provável para o que você está vendo, e não há uma maneira universal de resolver este problema. A execução de newfs / mkfs nas partições existentes deve ser relativamente segura, mas a execução de fdisk provavelmente não é.
Em uma nota relacionada: o mesmo vale para cartões SD, especialmente os de alta capacidade. A execução de fdisk em um cartão SDXC pode inutilizá-lo atualmente.