Você pode configurar seu servidor para encontrar esse arquivo em outro lugar (fora da casa dos usuários) usando, por exemplo:
AuthorizedKeysFile /etc/ssh/authorized_keys/%u
Ainda assim, esses arquivos podem ser lidos pelos usuários. A outra possibilidade é usar
AuthorizedKeysCommand /usr/sbin/get_user_keys
AuthorizedKeysCommandUser dedicated_user
E o comando /usr/sbin/get_user_keys
buscará as chaves dos usuários de diferentes locais (por exemplo, o acima) usando o usuário dedicado. O usuário de registro não poderá ver as outras chaves.