Revivendo essa pergunta porque é o melhor resultado do Google na pesquisa por "btrfs replace resume" e a resposta existente não conta toda a história.
O processo de substituição é retomado automaticamente após uma reinicialização (muito parecido com um equilíbrio). Eu ainda tive que fazer um hard-reset durante uma operação de substituição e o processo continuou felizmente depois de reiniciar e remontar o sistema de arquivos. Então, meu palpite é que não foi a operação de substituição interrompida em si que deu sssheridan todos esses problemas, mas sim as circunstâncias de ter que arrancar a partir de um disco rígido agonizante.
Ao montar após uma substituição interrompida, uma linha de registro como esta é impressa:
BTRFS info (device sdh1): continuing dev_replace from /dev/sdb1 (devid 5) to target /dev/sdh1 @95%
O último número é o percentual de conclusão.