O tamanho de um XTerm é determinado pelo número de caracteres que ele exibe, pela fonte que está usando e pelo tamanho das decorações do gerenciador de janelas (barra de título, contornos, etc.).
Você provavelmente está usando uma fonte diferente (maior) no LFS. As configurações de xterm do Ubuntu provavelmente estão em /etc/X11/app-defaults/{XTerm,XTerm-color}
(pelo menos é onde elas estão no Debian). Você pode copiá-los ou pelo menos as configurações desejadas. [BTW: Se você não está ciente, o XTerm tem múltiplas fontes que você pode mudar através do Controle RightClick e Controle Shift Teclado +/- (todas as ligações configuráveis).
Você também pode fazer isso por usuário no arquivo ~/.Xresources
e com xrdb
.
Se você quiser saber o que significam todas as configurações nos padrões do aplicativo XTerm, a página do xterm manpage as documenta completamente.