Ok, então aqui é onde a história começa: link Parece que alguém não gostou do antigo comportamento, então ele foi alterado para unidirecional.
Embora o man-page no meu xkeyboard-config-2.6 não tenha todas as opções suportadas, existem as opções _bidir switch, que você pode usar. Assim, para restaurar o comportamento antigo, sua configuração (ou o comando correspondente setxkbmap) deve ficar assim:
Section "InputClass" Identifier "keyboard-all" MatchIsKeyboard "on" Driver "evdev" Option "XkbLayout" "us,ru,de" Option "XkbVariant" ",winkeys," Option "XkbOptions" "terminate:ctrl_alt_bksp,grp:ctrl_shift_toggle_bidir" EndSection