As permissões no diretório updates não são muito adequadas para o que você está procurando fazer. Para que o usuário do apache possa gravar novos arquivos no diretório de atualizações, eles precisam da permissão de gravação. Nesse caso, como o apache é membro do grupo updaters , use apenas chmod g+w /updates para permitir que qualquer usuário do grupo de atualizadores crie novos diretórios e arquivos.
Se você quiser que os subdiretórios definam como padrão o mesmo grupo atribuído a /path/to/updates , (em vez do ID de grupo principal do criador da pasta), use chmod g+s conforme explicado aqui .