Isso deve ser feito. Apenas certifique-se de ter os caminhos certos. BTW, o GoAccess é bacana.
#!/bin/bash
PATH=$PATH:/home/
_logdir="/srv/www/logs"
_logfiles="${_logdir}/access_*.log"
for logfile in $_logfiles; do
_curfilename="${logfile##*/}"
cat "${logfile}" | goaccess -a > "/srv/www/stats/${_curfilename}.html"
done
Você pode até mesmo analisar arquivos de dados compactados:
zcat -f access.log* | goaccess -a > "/srv/www/stats/${_curfilename}.html"