Quanto do KDE você instalou? Se você tiver a ferramenta systemsettings, poderá usá-la para alterar o aplicativo associado à pasta. Meu palpite é que há filelight lá no momento e você quer nautilus em vez disso. Se você não tem configurações de sistema, você pode tentar algo ao longo das linhas
grep -ri filelight ~/.kde
para encontrar onde a configuração para usar o filelight é armazenada e alterá-lo manualmente.