Você está usando DESTDIR
de maneira não padrão. Não é o prefixo de instalação do seu pacote, é o prefixo "fakeroot" para coisas como compilações de pacotes.
A maneira mais típica de escrever isso é algo assim:
prefix = /usr/local
bindir = $(prefix)/bin
libdir = $(prefix)/lib
install: $(PHONIX) $(ANTLR) doc
install -m 0755 -d $(DESTDIR)$(libdir)/phonix
install -m 0755 -t $(DESTDIR)$(libdir)/phonix $(PHONIX) $(ANTLER)
install -m 0755 -D phonix.sh $(DESTDIR)$(bindir)/phonix
sed -i "s!PREFIX!$(libdir)!" $(DESTDIR)$(bindir)/phonix
Deixe DESTDIR
empty no makefile do seu pacote. Deve ser definido em debian/rules
ou automaticamente por dh ou cdbs. Eu acho que a partir de sua pergunta que ele fica definido de alguma forma.