Lembre-se dos cabeçalhos das seções como você os vê, mas não os imprima até ver uma linha de configuração nessa seção. Você poderia fazer isso em sed armazenando o cabeçalho da seção no espaço de espera, mas fica mais claro no awk.
awk '
/^ *\[/ {section=$0} # recall latest section header
/^ *[^[#]/ { # setting line
if (section != "") {print section; section="";} # print section header if not yet done
print
}
' ~/.vlc/vlcrc >~/config/vlc/vlcrc