Abaixo, Tweaks altera a chave dconf
/org/gnome/desktop/interface/gtk-enable-primary-paste
Você pode fazer o mesmo no terminal, seja por dconf (por exemplo, para desativá-lo):
dconf write /org/gnome/desktop/interface/gtk-enable-primary-paste false
ou via gsettings (por exemplo, para reativá-lo):
gsettings set org.gnome.desktop.interface gtk-enable-primary-paste true