Se você tiver certeza de que executar o script com sudo não causará nenhum dano (por exemplo, ele não criará novos arquivos que agora precisarão de root privileges, mas de outra forma não o faria), você deve executá-lo com sudo .
Se você sabe que existem alguns efeitos colaterais ou não tem certeza, faça o caminho seguro e use sudo exatamente onde você precisa.