Eu tenho o mesmo problema no OpenSUSE 15.0 e tenho usado xbindkeys + xvkbd por provavelmente 7 anos agora. Mas agora a tecla ctrl fica presa.
Minha solução de cinco minutos depois de tentar descobrir qual patch ou se há outras versões disponíveis para minha distro era mudar para o xdotool que fez o que eu queria (ctrl + w, ctrl + r dos botões do mouse), em 5 minutos .