Eu tentei instalar a versão atual do R (3.4.2) do CRAN em um novo computador executando uma nova instalação do Debian Stretch, e isso não funciona totalmente. Por exemplo,
root@machine:/home/myname# aptitude install r-cran-arm
The following NEW packages will be installed:
libnlopt0{a} littler{a} r-cran-abind{ab} r-cran-arm{b} r-cran-coda{ab}
r-cran-littler{a} r-cran-lme4{ab} r-cran-minqa{a} r-cran-nloptr{a}
r-cran-pkgkitten{ab} r-cran-rcpp{ab} r-cran-rcppeigen{ab}
0 packages upgraded, 12 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 8,429 kB of archives. After unpacking 22.1 MB will be used.
The following packages have unmet dependencies:
r-cran-coda : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
r-cran-rcppeigen : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
r-cran-abind : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
r-cran-lme4 : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
r-cran-rcpp : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
r-cran-arm : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
r-cran-pkgkitten : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
The following actions will resolve these dependencies:
Keep the following packages at their current version:
1) r-cran-abind [Not Installed]
2) r-cran-arm [Not Installed]
3) r-cran-coda [Not Installed]
4) r-cran-lme4 [Not Installed]
5) r-cran-minqa [Not Installed]
6) r-cran-pkgkitten [Not Installed]
7) r-cran-rcpp [Not Installed]
8) r-cran-rcppeigen [Not Installed]
Eu tentei seguir as instruções no link . Eu configurei a parte pertinente de /etc/apt/sources.list como
## R https://cran.r-project.org/
## deb https://cran.cnr.berkeley.edu/bin/linux/debian stretch-cran34/
deb http://cran.wustl.edu/bin/linux/debian stretch-cran34/
(Eu tentei primeiro o site de berkeley e depois mudei para ver se isso era problema meu.
Eu importei a chave do Ranke de Johanne.
r-base e r-base-dev estão instalados.
Eu acho que r-api-3 é a chave, mas eu não entendo o que fazer para contornar isso, mesmo depois de ler o tópico em bugs.debian.org.
Existe um processo simples que pode ser usado para corrigir isso? Se necessário, o aptitude pode limpar tudo do r-cran -... e começar de novo, mas seria melhor se eu pudesse consertar as coisas de onde elas estão.
ATUALIZAÇÃO EM RESPOSTA À SUGESTÃO DE JOANES:
Eu tentei algumas coisas ontem e elas não funcionaram. Por exemplo, eu tentei install.packages (rstanarm) e tenho, entre outras coisas:
/usr/lib/R/etc/Makeconf:168: recipe for target 'lang__grammars__expression_grammar_inst.o' failed
make: *** [lang__grammars__expression_grammar_inst.o] Erro 1 ERRO: a compilação falhou para o pacote 'rstan' * removendo "/ usr / local / lib / R / site-library / rstan" ERRO: as dependências "PKI", "RCurl" não estão disponíveis para o pacote "rsconnect" * removendo ‘/ usr / local / lib / R / site-library / rsconnect’ ERRO: a dependência "igraph" não está disponível para o pacote "threejs" * removendo ‘/ usr / local / lib / R / site-library / threejs’ ERRO: as dependências "rsconnect", "rstan", "threejs" não estão disponíveis para o pacote "shinystan" * removendo ‘/ usr / local / lib / R / site-library / shinystan’ ERRO: dependências 'rstan', 'shinystan' não estão disponíveis para pacote 'rstanarm' * removendo ‘/ usr / local / lib / R / site-library / rstanarm’
Os pacotes fonte baixados estão em "/ Tmp / RtmpYtjSD9 / downloaded_packages ' Mensagens de aviso: 1: em install.packages ("rstanarm"): a instalação do pacote "PKI" teve status de saída diferente de zero 2: em install.packages ("rstanarm"): instalação do pacote "RCurl" teve status de saída diferente de zero 3: em install.packages ("rstanarm"): a instalação do pacote "igraph" tinha status de saída diferente de zero 4: em install.packages ("rstanarm"): instalação do pacote 'rstan' teve status de saída diferente de zero 5: Em install.packages ("rstanarm"): a instalação do pacote "rsconnect" teve status de saída diferente de zero 6: em install.packages ("rstanarm"): a instalação do pacote "threejs" teve status de saída diferente de zero 7: Em install.packages ("rstanarm"): instalação do pacote 'shinystan' teve status de saída diferente de zero 8: em install.packages ("rstanarm"): instalação do pacote 'rstanarm' teve status de saída diferente de zero
Eu estou supondo que poderia ser porque agora eu tenho uma mistura de pacotes.
A menos que você diga o contrário e quando eu tiver tempo, estou inclinado a usar o aptitude delete para me livrar de todos os pacotes R, deixar o sources.list apontando para o backport do Debian e então usar o install.packages () e atualizar .packages () para construir o meu sistema em cima do backported (3.4.2?) base R. Isso soa seguro e provavelmente efetivo?
O pacote r-cran-arm não está entre os pacotes que estão sendo portados no CRAN. Além disso, a versão de r-cran-arm disponível no trecho não é compatível com o backport de R 3.4.2 porque depende de r-api-3 enquanto R 3.4.2 no CRAN fornece r-api-3.4.
Você pode instalar o pacote arm de dentro do R, ou fazer os backports do r-cran-arm e dos outros pacotes mencionados no seu log localmente na sua máquina. Ficarei feliz em ajudar se você quiser seguir o segundo caminho.