Caso não apareça nenhuma ferramenta pronta para uso:
Googling encontra uma biblioteca de código aberto chamada libimxvpuapi para acessar a VPU i.MX6, incluindo um programa de exemplo para codificação (onde os quadros de origem são processualmente gerados).
Também parece haver uma biblioteca semelhante fornecida pela Freescale, aqui é o manual de referência para isso.
Você terá que integrar a biblioteca e o programa de exemplo em outra ferramenta de transcodificação, por exemplo, ffmpeg
.
Isso vai precisar de um pouco de programação, mas talvez você possa convencer alguns desenvolvedores do ffmpeg de que este é um projeto interessante, e fazer com que eles façam a maior parte do trabalho para você, ou pelo menos explicar os lugares onde você precisa no código ffmpeg.