O seguinte erro E:Unable to lcoate package linux-headers-4.6.0-kali1-686-pae significa que o pacote ainda não está disponível no repositório ativo do kali-linux.
Você deve atualizar sua versão do kernel e instalar o pacote linux-headers apropiado
Execute o seguinte comando para descobrir o mais recente linux-image :
apt update
apt-cache search linux-image
Exemplo de saída:
linux-image-4.9.0-kali3-686-pae
linux-headers-4.9.0-kali3-686-pae
Para instalá-lo, execute;
apt install linux-image-4.9.0-kali3-686-pae
Reinicialize seu sistema e instale o pacote linux-headers :
apt install linux-headers-4.9.0-kali3-686-pae