A "base de dados" referida é o conjunto de regras (ou "receitas"). A documentação diz isto:
For each of those files, it issues the recipes recorded in the data base.
Embora eles sejam normalmente compilados (incorporados) no GNU make, é comum fornecer essas regras também (ou, ao invés disso) como um arquivo de texto separado. O GNU make tem uma opção de linha de comando --print-data-base
para mostrar as regras em vigor. POSIX make define um conjunto de regras padrão; a maioria das implementações estende essas regras.
Por exemplo, alguns sistemas usam o (finalmente ...) recurso "include" padronizado para incorporar regras extras além do makefile fornecido pelo usuário. A documentação GNU considera que o seu makefile também faz parte do banco de dados make (se é uma interpretação predominante é debatível: POSIX não usa essa terminologia).