AFAIK, não é possível.
Você pode pré-configurar uma senha pré-criptografada para a raiz e as primeiras contas de usuário. Você pode até fazer isso com a senha do grub (e alguns outros também). por exemplo,
d-i passwd/root-password-crypted password [MD5 hash]
d-i passwd/user-password-crypted password [MD5 hash]
d-i grub-installer/password-crypted password [MD5 hash]
mas isso não funcionará para ldap-auth-config/rootbindpw
porque você precisa da senha não criptografada em sua configuração LDAP para se conectar ao servidor LDAP.
A única coisa que posso sugerir é usar uma senha fictícia no pré-seed e fazer o script de uma conexão ssh TO na nova máquina recém-criada, para definir o rootbindpw real. Isso tem que ser uma operação de 'empurrar' ao invés de uma 'puxada', caso contrário, você está apenas transferindo o problema do preseed para algum outro lugar.