O que você precisa é xargs. Eu não estou familiarizado com o pandoc, mas algo assim deveria funcionar:
$ find . -name \*.html -type f | sed 's/\.html$//' | xargs -I {} pandoc -f html -t markdown -s -o "{}.md" "{}.html"
Isso usa 'find' para listar todos os arquivos .html no diretório escolhido (e em quaisquer subdiretórios). Estes são canalizados para sed que retira a extensão '.html' e depois canaliza para xargs que os alimenta um a um em pandoc; pandoc (se eu usei a sintaxe corretamente), em seguida, leva cada nome (substituido por {}), usa cada arquivo html como fonte e saídas para um novo arquivo com extensão md no mesmo diretório que o arquivo de origem.
Você deve terminar com seus arquivos html originais e um número igual de arquivos md correspondentes no mesmo diretório.