Depois de examinar isso por um tempo, isso parece ser um "problema de hardware" - provavelmente o servidor físico que hospeda a VM está sobrecarregado com outras VMs, e as máquinas m1 não obtêm desempenho garantido. você obtém o tempo de CPU restante no host. Pior, se a sua VM estiver rodando no núcleo da CPU 0, você também terá todo o tratamento de interrupções na máquina. Veja este artigo wiki Xen em "A primeira VCPU da HVM VM (e possivelmente única) é totalmente utilizado.". Veja também este tópico de suporte da AWS para outras pessoas com um problema de interrupção semelhante.
A única solução neste momento é fazer com que sua VM seja migrada para outro host físico. Isso às vezes pode ser feito simplesmente interrompendo as VMs, aguardando alguns minutos e iniciando novamente - se o EC2 tiver atribuído outra VM ao seu host antigo nesse meio tempo, você poderá obter um slot diferente e o problema poderá ser resolvido.
Se isso não funcionar, a melhor opção é criar uma nova imagem da sua VM e iniciá-la em outra zona de disponibilidade. Isso fará com que os IPs sejam substituídos e pode exigir a atualização de grupos de segurança e regras de firewall. Além disso, certifique-se de interromper sua VM antes de criar a imagem - para garantir que, após a criação da imagem e antes do início da nova VM, sua VM antiga não gere novos dados.