Dependendo da linguagem de script usada para executar o trabalho, você pode usar
setpgrp()
Perl: setpgrp PID, PGRP
para separar o processo de execução do terminal de controle, para que, uma vez iniciado, o terminal de controle possa sair sem prejudicar o processo em execução.
Agora, a partir do que você está descrevendo, você terá o terminal e o shell de controle executando o Gnome Terminal e iniciando seu trabalho a partir dali, então nohup
deve funcionar bem para você.