Isso soa como um processo que tem ou está tendo seu nível bom configurado para um nível inferior. Eu confirmaria isso com o comando:
$ ps -eo "%p %y %x %c %n" | less
A última coluna é o valor legal e deve ser 0 na maioria dos casos. Se é algum outro valor entre -20 (agendamento mais favorável) para 19 (pelo menos), então algo está definindo o valor legal para esse valor diferente.
Exemplo
$ ps -eo "%p %y %x %c %n"| head -10
PID TTY TIME COMMAND NI
1 ? 00:00:01 init 0
2 ? 00:00:00 kthreadd 0
3 ? 00:00:02 ksoftirqd/0 0
4 ? 00:00:03 migration/0 -
5 ? 00:00:00 watchdog/0 -
15 ? 00:00:06 events/0 0
19 ? 00:00:00 cpuset 0
20 ? 00:00:00 khelper 0
21 ? 00:00:00 netns 0
Outras coisas
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Outra coisa que @ derobert's apontou. O tempo está distorcido de forma estranha em alguns dos seus resultados. Pode haver algo errado com o seu relógio.
Especificamente, este bloco:
Fri Nov 8 16:20:59 CET 2013 Sleep 300 seconds = 5 minutes Fri Nov 8 15:52:49 CET 2013 end of sleep
Parece que voltamos no tempo aqui!
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Várias pessoas nos comentários indicaram que seu sistema pode ter entrado no modo de suspensão ou pode ter hibernado. Essa idéia parece ser a melhor, já que
sleep
normalmente usa pouco tempo de CPU, como indicado por @Gilles nos comentários da minha resposta, então normalmente não seria afetado pelo bom nível que está sendo alterado.