Provavelmente foi alterado para que seja padronizado para salvar o formato .xcf, que retém todas as camadas do Gimp e outras coisas. Impede os desenvolvedores gráficos de salvar como um .jpg que achata todo o seu trabalho.
Se isso te incomoda, vá mudar as teclas de atalho para que CTRL - S faça a função exportar ao invés do xcf save.