Parece que o MacPort está gerando seus arquivos de configuração e bagunçando seu PATH e tal. A maneira mais fácil de corrigir isso é fazendo você mesmo - desabilite a geração / criação do MacPort dos arquivos de ponto referentes ao seu caminho e aliases, remova os arquivos .bash_profile e .profile e acrescente o seguinte ao arquivo ~/.bashrc :
# define aliases
alias ruby='ruby1.9'
alias apacherestart='sudo apachectl -k restart'
# define hist properties
HISTFILESIZE=1000000000
HISTSIZE=1000000
# define path to programs
PATH=/opt/local/bin:opt/local/sbin:/opt/subversion/bin:/opt/local/apache2/bin/:/opt/local/lib/python2.4/site-packages/django/bin:$PATH
# define manpath
MANPATH=/opt/local/share/man:$MANPATH
# export env vars
export HISTFILESIZE HISTSIZE PATH MANPATH
Inicie um novo terminal e execute echo $PATH para verificar se tudo está lá e, em seguida, teste alguns dos comandos instalados em /opt/local/bin . Como todos os diretórios na instrução PATH= acima estão agora no seu PATH , você não precisa de aliases que usem caminhos absolutos para o binário - por exemplo, você não precisa mais do alias para gem , porque você pode execute gem .
Atualização: se o seu ~/.bashrc não for originado, coloque source ~/.bashrc em ~/.bash_profile limpo.