Da longa cadeia de comentários, parece que o ntfs-3g (ou possivelmente o FUSE) não suporta totalmente timestamps de 100 ns, ou pelo menos a versão no Ubuntu 12.04 não suporta. Existem tópicos aleatórios do fórum que indicam que o FUSE 2.9 é necessário, mas Ubuntu 12.04 tem 2.8 .
O Ubuntu 12.10 tem o FUSE 2.9, mas não é uma versão de suporte de longo prazo. Então você provavelmente não quer atualizar para ele.
Outra alternativa seria mudar para um sistema de arquivos que suporta timestamps de alta resolução no Ubuntu 12.04, como o ext4. A menos que você planeje desconectar o disco do servidor Samba e conectá-lo a uma máquina Windows, essa é provavelmente uma escolha melhor do que o NTFS, especialmente se você ativar atributos estendidos no Samba.