Consegui resolver o problema com esses comandos (ideia do Discussão de bugs do Ubuntu :
xmodmap -e 'remove lock = Caps_Lock'
setxkbmap -option
O teclado foi redefinido para as configurações padrão: layout US e Caps Lock com a funcionalidade padrão (e LED que não está invertido). Depois disso, reapliquei minhas configurações de layout de teclado. Nos gerenciadores de janelas mais populares, isso seria feito a partir da GUI, mas invoquei setxkbmap
manualmente:
setxkbmap -layout us,ru -option grp:caps_toggle,grp_led:caps
Não tenho certeza se o estado inicial do LED afeta se os comandos funcionam, provavelmente é necessário tentar várias vezes.