Então, depois de alguma pesquisa, posso responder minha própria pergunta. O Thunderbird permite colocar arquivos em / thunderbird / defaults / profile que serão distribuídos para todas as contas de usuários criadas na invocação desse binário.
Então eu adicionei o cert8.db em // defaults / profile e minha configuração do isp como um .xml em // isp e agora o autoconfig funciona como um charme.